GUI

Под Windows можно использовать бесплатную программу PDFill FREE PDF Tools.

Программа могучая, универсальная, может многое - не только объединять файлы в один.

CLI

Для использование командной строки можно использовать Ghostscript. Скачать можно на официальном сайте.

Для Linux можно установить при помощи штатного пакетного менеджера.

Для объединения файлов можно использовать:

gs -q -sPAPERSIZE=letter -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=output.pdf file1.pdf file2.pdf [...] fileN.pdf

Для Windows всё аналогично, только в качестве исполняемого файла следует использовать gswin64c.exe или gswin32c.exe в зависимости от разрядности установленного Ghostscript.

Обычно он устанавливается в Program files и надо либо прописать путь в системной PATH либо писать полный путь каждый раз (не забывая при этом кавычек).

"C:\Program Files\gs\gs9.19\bin\gswin64c.exe" -q -sPAPERSIZE=letter -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=output.pdf file1.pdf file2.pdf [...] fileN.pdf