Если надо запустить скрипт на фоне (типовая ситуация - запуск скрипта как CGI из веб-сервера), то перед запуском долгого процесса надо отсоединить stdout и stderr от скрипта. Тогда веб-сервер сможет продолжать работать.

Делается это так (перед запуском фоновой задачи):

exec >&-
exec 2>&-

Источники:

https://stackoverflow.com/questions/6033780/run-a-cgi-shell-script-in-background

https://tldp.org/LDP/abs/html/io-redirection.html