Если надо поменять системные пути PATH внутри окружения wine, то это можно сделать либо через вызов regedit и найти там параметр

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Environment

Реально эта ветвь реестра хранится в файле ~/.wine/system.reg и можно этот обычный текстовый файл отредактировать.

Там есть раздел:

[System\\CurrentControlSet\\Control\\Session Manager\\Environment]